Anna Maria Paganini è nata a Milano, ha studiato con A. Beltrami e, in seguito, con B. Canino, sotto la cui guida si è diplomata in pianoforte presso il Conservatorio G. Verdi di Milano. Ha studiato composizione con N. Castiglioni, del quale ha suonato in prima esecuzione Rima, per oboe e pianoforte, e Dulce Refrigerium, per piano solo; inoltre ha eseguito il concerto per pianoforte e orchestra Fiori di ghiaccio.
La sua attività artistica si è svolta in diverse direzioni: dal solismo (suonando tra l'altro con le orchestre della RAI e dell'Angelicum), alla musica da camera con il quartetto Schumann e in duo con l'oboista Luca Avanzi, all'accompagnamento di strumentisti e cantanti, tra i quali Cathy Berberian.
Nella sua attività concertistica ha collaborato con numerose associazioni ed enti musicali: Musica nel Nostro Tempo, Venezia Opera Prima, Angelicum, I Pomeriggi Musicali, Musica Atelier di Bolzano, ASLICO, Gioventù Musicale, ecc. Ha inoltre partecipato come pianista alla realizzazione di diversi concerti vocali in forma di spettacolo teatrale. Dal 1990 è Maestro accompagnatore al pianoforte, di ruolo, presso il Conservatorio G. Verdi di Milano, dove nell'ambito dell'attività del Laboratorio Lirico ha tenuto corsi di accompagnamento operistico. Inoltre, dall'a.a. 2003/04 nell'ambito del Biennio superiore del Conservatorio, è docente di corsi relativi alla pratica dell'accompagnamento e della lettura al pianoforte del repertorio vocale da camera.
Dal 2007, nell'ambito della produzione del Conservatorio di Milano, si occupa di alcune rassegne pubbliche di studenti di cui ha curato la direzione artistica (Concertiamo), nonché l'ideazione (Suonando in pubblico ... s'impara, Happy Music Hour, ConcertErasmus). Nello stesso ambito, nel 2009/10 ha curato, in collaborazione con il Comune di Milano - Assessorato alle Politiche Sociali, la produzione di alcuni concerti eseguiti in carceri, centri di accoglienza e ospedali.